神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
青虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了
本来只存于游戏世界的妖魔突然在现实世界降临，资深玩家顾青山与最终Boss同归于尽后，穿越回到末日尚未开始之时，利用战神系统与各种末日灾难、妖魔、邪恶势力展开激烈战斗的故事。
唐朝少女姜禾穿越千年来到许青眼前，命运牵起这跨越千年的爱恋。少女所熟悉的一切，都已经变成历史。亲朋，好友，敌人，全部沉寂在一千二百年前。少年则毫无保留，带着少女开启全新的生活。痛苦、迷茫、欢声、笑语都将留在这个新世界。
她年纪轻轻就被推上了皇位，而她在朝中的名声极差——不学无术，强抢民男，她也是太傅眼中的扶不起的阿斗。色厉内荏，为帝时，表面上看起来有气势，实际上容易一秒怂，内心戏很多，喜欢吐槽。看起来荒淫无度，实际上内心纯洁，仅仅是喜好美男。不爱学习不用功，于治国上没兴趣，喜好玩乐，所以后来被人设计，流落民间，被男主所救，努力假装自己不过是女帝的替身。
在兽型战士的联合攻击下，幕后黑手巴罗坠入了黑暗之门，猪猪侠和小伙伴获得了国王的嘉奖，人类与怪兽握手言和，童话世界恢复了和平。然而，巴罗并未丧生，他在黑暗之门获得了黑暗势力的支持，变得更加强大。巴罗接受了“摧毁童话世界”的新使命，不仅毁掉了五灵锁和怪兽研究社，而且其真实身份曝光后，兽型战士也陷入了难以抉择的境地，童话世界岌岌可危。失去了五灵锁的兽型战士们该何去何从？得知真相后，猪猪侠是否还能坚持战斗？危险正在靠近，信念正在动摇，童话开始崩塌，新的力量正在崛起……
