神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
叶凡与王腾双天骄宿命对决，北原王家来势汹汹，姬家老祖心怀鬼胎，姬紫月沦为家族联姻工具，叶凡身陷众矢之的。荒古圣体碰撞乱古传承，谁才具真正大帝之姿？
被食荒者奉为“炎少爷”的炎小浪身世成迷，而立志成为一名真正厨师的他，在食神伊尹的辅佐下，开始面对刀工、火候等一系列高深中华美食技艺的挑战，踏上艰苦的学厨之路！但真正的邪恶势力，才刚刚觉醒...
天宝十二年，天魔复生之期将至，妖王獬狱意图利用天魔统领妖族，颠覆人间，使人间成为妖族之地。人间驱魔司召集青年才俊重返长安，为四年之后的天魔现世做准备。在边境，驱魔司众人再度相聚，后续发现战死尸鬼的暴动。这一切的背后似乎都和传说中的白鹿有关，白鹿究竟在何处呢？
