神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
未来世界，科技与数据主宰一切，当旧城区变得又老又挤，以最新科技打造的新世界，成为人人向往的移居地，然而唯有贡献值最高的菁英，才有资格入住。八戒（许光汉 配音）又懒又自私当然失格，但他为了让奶奶（钟欣凌 配音）过好日子，决定违背良心，与建商总裁牛魔王（庹宗华 配音）私下交易…… 影片将《西游记》搬到科幻场景，八戒化身赛博胖客，与理工男三藏（刘冠廷 配音）、火爆护卫悟空（庾澄庆 配音）、女机器人小净（邵雨薇 配音），穿梭新旧混杂市景，探索幸福真谛。
中国某朝代的皇太子一次民间出巡，邂逅了一位民间女子，并生下一个女儿，但却适逢盗贼作乱，皇太子与母女俩失散多年。数年后皇太子已登基为皇帝，与女儿重逢后发觉女儿在民间流落多年，沾染了民间市井之气。皇帝决定将女儿重新教导成一个高贵的格格。但格格早已习惯自由自在的生活，她那顽皮捣蛋的可爱性格却为严肃乏味的皇宫带来了新气象，故事由此而起。
整个宇宙分为域内宇宙和域外宇宙，两个宇宙彼此为敌，域外宇宙由天魔统治，域内宇宙分为神界，仙界，凡间。 在宇宙中，像天罚大陆这样的凡间位面，数不胜数，其统称为：九天星域。九天星域中，九大仙帝统领九重之中所有星域。九天之上，乃炼仙神域，仙人最终化神之路，必要通过炼仙神域，方能凝聚神格，成为神，到达神界。神界万族林立，各族之神极为强大。在遥远的过去，神界万族，被始源至尊、混沌至尊，还有鸿蒙至尊统领。三大至尊，三足鼎立，统管神界、九天仙界。 鸿蒙神界之主鸿蒙至尊，身份尊贵，属下众多，为神界最强之人，精通天下万术。彼
萧炎，萧家历史上空前绝后的斗气修炼天才。家族百年之内最年轻的斗者！ 三年之前，这名声望达到巅峰的天才少年，却是突兀的接受到了有生以来最残酷的打击，他辛辛苦苦修炼十数载方才凝聚的斗之气旋，一夜之间，化为乌有。而且体内的斗之气，也是随着时间的流逝，诡异地变得越来越少导致其实力不断地后退。一夜间，沦落成了路人口中嘲笑的废物！ 种种打击接踵而至，就在他即将绝望的时候，一缕幽魂（药尘又作药老）从他手上的戒指里浮现，一扇全新的大门在面前开启！ 原来，竟是有一不死魂魄吸收他的斗气，在药老灵魂停止吸收斗气后萧炎终于天赋重展，（有药老帮助）连连突破，震惊全城。 萧炎重新成为家族年轻一辈中的最强斗者，然而他却不满足于此。 为了一雪退婚带来的耻辱，萧炎来到了魔兽山脉，在药老的帮助下，进一步提升自己的实力…… 在魔兽山脉，他结识了小医仙（厄难毒体），结为好友，抵御妖兽和企图不轨的敌人。他面向的世界更加宽阔。后又在药老的教导下，成为加玛帝国黑岩城最年轻的二品炼药师，（现已是九品玄丹炼药宗师）。为着他的执着与信念闯荡大陆，向着大陆巅峰强者迈进。年仅29岁便晋级斗帝境界并自封炎帝， 30岁成为斗帝，号“炎帝”。 终于，在萧炎坚持不懈的努力和强大存在的帮助下，重新成为了家族年轻一辈的佼佼者，更游历了整个大陆，挑战无数强大而神秘的邪恶势力与大陆上无数传说中的无敌强者，成为大陆巅峰强者。
