神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
衰仔高三生路明非，突然收到了一封来自卡塞尔学院的邀请信，这一件天上掉馅饼的大好事砸得他有一些不知所措，经历了一系列事件后，路明非决定面对未知，加入卡塞尔，谁知竟被告知，卡塞尔的学习之旅是为了——屠龙。学院“自由一日”和“3E”考试等等不同寻常的事件让他不得不相信自己真的加入了一个目标是屠龙的神秘组织，随后去往青铜城的行动也让他直面了自己已然到来的、不平凡且残酷的人生……
公元2026年，在浩淼的银河系中，有一颗住着机器人的行星——“ 哈帝星”，由于哈帝星科技高速发展，机器人社会即将面临能源短缺的危机。好在学究犀牛博士研究发现了一种叫做“ 梦多拉晶石”的宇宙物质，能作为哈帝星的补充能源。为解决哈帝星能源危机，红宝等机器人组成V5战队，执行追踪回收梦多拉晶石的任务。可惜新成立的V5战队第一次出任务就意外出错，导致梦多拉晶石坠入行星“地球”上，晶石碎片散落在一个名为“西童镇”的小城市。 V5战队由此肩负起到地球回收晶石的任务。
天才少年变废柴遭家族排挤，未婚妻竟上门当众退婚；萧炎为雪前耻立三年之约，一句豪言震惊全场：“三十年河东，三十年河西，莫欺少年穷！”在师父药老的帮助下，陨落天才开启了的传奇逆袭之路！
