神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际，天下公认的领袖——神农帝去世，金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中，少年拓拔野横空出世，在机缘巧合下得到了神农帝临终传承，开始了一段惊心动魄的传奇历程。
由于时间公主时希的时间法术和御王黎灰的空间法术碰撞，带着叶罗丽仙境的仙子们一起进入了小朋友的内心世界。在这个充满童趣的玩具世界里，他们必须完成游戏和谜题，闯关成功才能回到原本的世界。另一边，每次整点报时，他们就可以从夹缝中回到现实世界，时希和黎灰通过四时钟看见了宇宙的奥秘，奇幻的星系、地球之外的天文世界瑰丽的展现
修真界至尊强者意外穿越到了超能力者的世界，这里人们大多都拥有各种各样的超能力，他们被称为“英雄”，终年与怪兽做斗争，拯救世界。
