故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
藤桥凉（高森奈津美 配音）是在工厂里上班的女白领，深受下属和同事们的信赖。某日，一个名叫水野飒马（伊东健人 配音）的男人找到了她，拜托她帮忙参加一场联谊会。水野是凉的青梅竹马，两人从很小的时候起就认识了，如今的水野是一名消防员，不知道他成长的过程中遇到了什么变故，导致他现在的性格非常的轻浮，总之对于凉来说，水野并不是一个理想的恋爱对象。 然而，让凉没有想到的是，自己的公寓竟然发生了火灾，房屋尽毁，无奈之下，凉只得暂时搬到了水野家里，两人就这样开始了“同居”生活，凉也因此看到了水野不为人知的另一面。
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
极普通的少年十鬼岛，突然从新宿出现的巨大女神像里面出现的女宇宙海盗ripumila ，被告之在自己的身体里面有宇宙秘宝“风幕光”的地点记录的地图，结果开始了有关“风幕光”的旅行。
我一定会拯救你。在打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当——培提其乌斯·罗曼尼康帝之后，菜月昴和爱蜜莉雅又得以重新开始。克服了艰难的诀别，两人终于和解，然而这只是新一轮风波的序幕。超乎想象的绝境危机，接踵而至的残酷现实。少年将再次直面残酷的命运。
