原创篇章，讲述打倒亨德里克森后的短暂和平生活。
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。
故事发生在地处偏远的私立八光学园之中，一直以来，八光学园都以极为严明的校风，以及培养真正的淑女而闻名遐迩。然而，自2011年4月起，学园由单纯的女校改为了男女混校，五位并不“高贵”亦不“纯洁”的男生首次踏上了这片从未遭受过“污染”的“圣地”。
各方面都只能用平凡来形容的藤野清志（神谷浩史 配音）、喜欢研究三国志的诸葛岳人（小西克幸 配音）、清志的中学好友若本真吾（铃村健一 配音）、身体虚弱沉默寡言的根津让二（浪川大辅 配音）和抖M宅男安堂丽治（兴津和幸 配音），当这胆大包天的五人决心进行女子澡堂偷窥行动而后彻底暴露被捕之时，等待着他们的竟然是冰冷的铁窗，和来自于里学生会成员们的残酷折磨！
怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？ 此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！ 同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……
堀京子（户松遥 配音）是长相漂亮，穿戴又十分时尚的潮流女孩，在学校里颇有一番人气。可一回到家，为了照顾年幼的弟弟和方便做家务，京子会换上非常土气的居家服，常年不在家的母亲让京子在不知不觉中扮演了代替者的角色，但这样地味的一面，可千万不能让学校的同学们知道啊！ 一天，一个 耳朵上打满了耳洞的刺青男敲响了京子家的大门，穿着居家服的京子去看们，让她没有想到的是，眼前这个潮男，竟然是平日里在班上被评价为宅男的宫村伊澄（内山昂辉 配音），原来宫村和京子一样，过着隐秘的双重生活。以弟弟为契机，宫村开始频繁的拜访京子家，两人以他们的真面目相对，心与心之间的距离逐渐缩短。
现国（近藤孝行 配音）是一名平凡的普通青年，某一日，他来到了青锖学园任教，哪知道等待着他的，却是一段他怎么也想象不到的奇遇。原来，在这所学校里就读的学生们，每一个人都是一种枪械的化身，其性格亦反应了对应枪械的特性，在这里，现国会遭遇怎样的故事呢？ 外表乖巧可爱但到关键时刻就会暴走的芬子（野水伊织 配音）、身材姣好容貌秀丽却说着一口关西话的一六（富樫美铃 配音）、喜欢这芬子的希格（作图元相知 配音）、娇小可爱沉默寡言的艾儿（味里 配音）、有着双重人格的阿玖（古谷静佳 配音），在这些女孩子，或者说是枪械的包围下，现国的日常就此展开。
