故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
我一定会拯救你。在打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当——培提其乌斯·罗曼尼康帝之后，菜月昴和爱蜜莉雅又得以重新开始。克服了艰难的诀别，两人终于和解，然而这只是新一轮风波的序幕。超乎想象的绝境危机，接踵而至的残酷现实。少年将再次直面残酷的命运。
東京都高度育成高等学校。 進学率、就職率100％を誇り、毎月10万円の金銭に相当するポイントが支給される楽園のような学校だが、その内実は一部の成績優秀者のみが好待遇を受けられる実力至上主義の学校だった。 問題児の集まるDクラスに配属された綾小路清隆は、Aクラス昇格を目指すクラスメイトの堀北鈴音に協力。無人島でのサバイバル試験を終え、豪華客船で束の間の休息を堪能するのだが……。 そこでは各クラスが入り乱れた新たな特別試験が始まろうとしていた。クラスのためか、グループのためか、あるいは個人のためか――。 他クラスが不穏な動きを見せる中、まとまりに欠けるDクラスは窮地に立たされる。信頼と疑念の狭間で揺れ動く生徒たちは、真実を看破できるのか。新たな学園黙示録が今、再び幕を開ける。
