故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
转职为暗影君王后，程肖宇获得了操纵影子大军的能力。为了治愈生病的母亲，寻找制作“生命神水”的材料，程肖宇独自踏上攻略恶魔域的道路......
我一定会拯救你。在打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当——培提其乌斯·罗曼尼康帝之后，菜月昴和爱蜜莉雅又得以重新开始。克服了艰难的诀别，两人终于和解，然而这只是新一轮风波的序幕。超乎想象的绝境危机，接踵而至的残酷现实。少年将再次直面残酷的命运。
1996年的OVA版(4话) When crime and terrorism go out of control in Tokyo, the police unleash Team Warrior - a band of highly-skilled and completely reckless band of female cops. Featuring loose cannon Rio, triggerhappy Maya and ace hacker Lilica, Team Warrior will get the job done, regardless of the budget of the mission. Opening Theme: "Flash Your Dream" by Wonder Love (eps 2-4) Ending Theme: #1: "Flash Your Dream" by Wonder Love (ep 1) #2: "I'll be with you all the time" by Wonder Love (ep 2) #3: "Ii yume dake wa mikata dakara (Only A Good Dream Is My Side)" by Wonder Love (ep 3) #4: "Sure!" by Wonder Love (ep 4)
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。
