Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
当红男艺人…其实是女孩子！？不受欢迎的大学生恭平唯一的骄傲就是，他和男艺人有栖川炼其实是表兄关系。长大后他们就再没见过面了，某个夜晚，炼竟然偷偷溜进了恭平的公寓！然而，却因一场意外发现炼其实是女生！？
阿澄皇哉（山中真寻 配音）是在大学里就读的大四学生，为了补贴家用，在课余时间里，阿澄还从事着家政夫的兼职。这一次，阿澄的雇主是一个名叫成濑圭一（寺岛惇太 配音）的男人，他独自抚养着年幼的儿子一佳（古木望 配音），阿澄的出现大大的缓解了他在家务上的压力。 圭一的脸蛋生得非常娇俏，娇俏的甚至都不像一个男人，他的存在渐渐的吸引了阿澄的注意，阿澄发现自己总是不自觉的顶着自己的主人发呆。一次偶然中，阿澄发现了圭一欲求不满的一面，这巨大的反差让阿澄对于圭一的感情犹如山洪一样的爆发了。
