Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
主角大狼十三自小被组织捡养，并成为传说级杀手。某次任务中，他遭到神秘生物兵器刺中，竟意外变回中学生的模样，从此开始了国中生活……
煌历3015年，世界因两个超级大国的冷战而四分五裂，原本守护岛国尼尔·卡姆伊的“红龙”发生异变而暴走。为此，来自三国的精英们组成了名为“混成调查队”的部队，岛国的命运即将背负在他们的身上……
上杉风太郎（松冈祯丞 配音）是就读于高中二年级的平凡男生，唯一的亮点就是学习方面异常的优秀，每次考试都能得到满分。上杉的家境非常的贫穷，欠下了巨额债务，为了还债，上杉不得不开始勤工俭学，受中野一家人的聘用，成为了中野家五姐妹的家庭教师。 有些腹黑的小恶魔中野一花（花泽香菜 配音）、个性傲娇厨艺绝佳的中野二乃（竹达彩奈 配音）、大大咧咧沉迷于战国时期历史的中野三玖（伊藤美来 配音）、非常擅长运动的元气少女中野四叶（佐仓绫音 配音）和个性有些要强的傲娇少女中野五月（水濑祈 配音），在这五位大小姐的包围下，上杉能够顺利完成自己的教学任务吗？
万众瞩目的盛世婚礼却成新娘云望舒一族的灭门血宴。宗门覆灭、亲族尽屠，皆因一场精心布下的阴谋。而她心脉俱毁，浴血而逃，生死边缘与神秘势力“罗异阁”达成换心之契。蛰伏六十载，昔日年少天骄，今成血衣罗刹，以“曦和”之名，她云望舒誓要以仇敌之命，血祭宗门冤魂！
ここが、私たちの居場所だから 数千を超える学校で形成された巨大な学園都市「キヴォトス」。 ここでは銃を手にした生徒たちの諍いが、日常的な風景になっている。 その中で、砂に包まれた「アビドス高等学校」は廃校の危機に瀕していた。 状況を脱すべく奮闘する「対策委員会」の5人の生徒が、 「先生」と呼ばれる“大人”と出会い、物語は動き始める。
故事发生在诚教学园国中部，由于历史悠久的缘故，许多不思议事件在校园中广为流传。某日，少年新谷真一（代永翼 配音）迷失在了犹如迷宫一般的校舍之间，夕阳下，一个黑发少女的身影出现在了他的视线中。少女穿着真一没有见过的古老校服，空洞的眼神里充满了哀怨。难道，我遇见了幽灵？真一兴奋的这样想着。 原来，幽灵少女名叫庚夕子（原由实 配音），15岁那年不幸去世，因为失去了记忆，因此也想不起来究竟是如何死去的，为此苦恼的夕子这才每日徘徊在校园之中，成为了众多灵异事件的始作俑者。作为唯一能够看见夕子存在的人，真一成为了寻找夕子记忆的头号人选，一个名为“灵异调查部”的社团就这样成立了。
