《咕噜咕噜魔法阵》讲述了一个这样的故事：在吉姆吉姆大陆上的一个小村庄吉米拉村，有一天，国王颁布了勇者召集令悬赏，如果有人能够消灭魔王将会得到五万R并且能够成为哥达国的王子。仁杰的父亲发现了召集令，为此训练他的儿子、强迫儿子成为勇者踏上旅程。吉米拉村有着旅行前不得不去拜访 魔法婆婆的规则，按照这个规则，仁杰到达了魔法婆婆的家，勇者被命令和能够使用咕噜咕噜魔法的米古米古族人歌莉一起踏上旅程。然后被国王认同是勇者的仁杰以打倒企图征服世界的魔王纪力而和歌莉开始了旅程。
这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。 为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！ 之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!
有一天，馬古路星人及孿生怪獸來襲地球。當時身任地球防衛隊MAC的隊長諸星團，立即變身為賽文奧特曼迎戰。但不敵，幸得雷歐奧特曼現身相助，才合力把怪獸趕走。 在此戰役中，諸星團因傷重而瘸腿，且損壞了奧特眼鏡，便再不能夠變身成賽文了。因此，他誠邀鳳源（雷歐奧特曼）加入MAC，並委以保衛地球的重任。
涉谷有利（樱井孝宏 配音）是一名普通的高中生，一日偶然之中，他竟然被抽水马桶冲往了异世界“真魔国”，在真魔国中，黑衣黑发的他被指定为第二十七代魔王，在此之前，他必须认真修行，培养足以成为魔王的能力。有利遇见了温文尔雅的孔拉德（森川智之 配音），孔拉德告诉有利，他将成为有利的保护者一直陪伴在有利的身边。因为一个耳光，有利和保鲁夫拉姆（斋贺弥月 配音）结下了不解之缘，在真魔国，打耳光居然是求婚的方式。 在真魔国修炼的时间里，有利认识了各式各样有趣的人物。外表冷漠但内心温柔的古音达鲁（大冢明夫 配音）和怎么看都异常完美的浚达（井上和彦 配音）更是为有利成为魔王助了一臂之力。正当有利的能力越来越强时，他被卷入了一场政治纠葛之中。
