《咕噜咕噜魔法阵》讲述了一个这样的故事：在吉姆吉姆大陆上的一个小村庄吉米拉村，有一天，国王颁布了勇者召集令悬赏，如果有人能够消灭魔王将会得到五万R并且能够成为哥达国的王子。仁杰的父亲发现了召集令，为此训练他的儿子、强迫儿子成为勇者踏上旅程。吉米拉村有着旅行前不得不去拜访 魔法婆婆的规则，按照这个规则，仁杰到达了魔法婆婆的家，勇者被命令和能够使用咕噜咕噜魔法的米古米古族人歌莉一起踏上旅程。然后被国王认同是勇者的仁杰以打倒企图征服世界的魔王纪力而和歌莉开始了旅程。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
【STORY】 生活着众多从未见过的新的Pocket Monster的新的世界，踏上伊苏地区的旅行。 熟悉的组合，小智和皮卡丘，现在的两人又了微妙的变化，新的关键词是「速度感」和「新鲜感」 在伊苏地区旅行的小智，一个接一个遇到新的Pokemon们以及全新的口袋妖怪训练师们。以从未有过的速度展开Pokemon训练师之间的对战，新加入的伙伴们陆续登场，还有从不认输的皮卡丘带来的新的变化，Pokemon的终极进化！你从未见过的Pocket Monster新世界的冒险即将展开！【STAFF】 总监督:汤山邦彦 监督:须藤典彦 系列构成:富冈淳广 人物设计:山田俊也 总作画监督:广冈岁仁 美术监督:钱村本义 色彩设计:吉野记通 摄影监督:白井久男 编辑:边见俊夫 音乐:宫崎慎二 音响监督:三间雅文 【CAST】 小智：松本梨香 爱丽丝：悠木碧 田都：宮野真守 武藏：林原惠 小次郎：三木眞一郎 喵喵：犬山犬子 皮卡丘：大谷育江 龙牙兽：津田美波 小球獭：福原美里 藤叶蛇：林原惠 暖暖猪：水田芥末 杂耍(暂译)：藤村知可
