自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
继承了利世的赫子，最初无法适应身为喰种的自己，在被“青铜树”抓走，随后与万丈的出逃计划失败并被壁虎抓走折磨时，黑发变为白发，在理解了自己喰种的本性后黑化将壁虎打成残废，并吞噬其赫子。成长为真正的喰种，战斗时头脑清晰，颇具策略。性格也从此开始转变，不会再轻易相信他人，作战时也开始变得更加果断。之后逐渐发现是医生嘉纳在自己身上进行了人类与喰种的融合实验，将赫包转移到自己体内成为了喰种。在攻入其实验室时不敌"青铜树"鯱,在追赶被带走的嘉纳时为了突破重围吞噬了大量融合失败品，成为半赫者，精神极不稳定接近疯狂的状态，被评价为ss级喰种，拥有单挑特等搜查官篠原的实力，篠原曾评价金木”你是我见过最疯狂的喰种“。
人类遭逢了名为“空间震”的新型灾害。震撼空间、将一切破坏殆尽的这一灾厄，是由于精灵自临界显现而发生的。为了阻止空间震，使人类免遭灾厄而必须采取的措施，是使用武力歼灭精灵，或者是——“与其约会，使其娇羞”！ 让精灵娇羞，再通过“亲吻”即可封印其力量——拥有这种能力的高中生·五河士道。为了人类的和平，也为了拯救精灵们——士道在和她们的“约会”中来回奔走。对士道敞开心扉的精灵·十香、四糸乃、琴里、耶俱矢、夕弦、美九，为歼灭精灵而行动的AST，企图利用精灵的DEM，尝试与精灵对话的拉塔托斯克，以及，需要令其娇羞的新精灵——将这一切全部卷入，新的战争约会开始了——
旅にはいつも出会いと別れがある。
