被誉为世界最强魔法使的【贤者】盖亚斯，对自身的纹章感到了极限，没办法变得更强。他为了改变自己的纹章而采取的手段——那就是通过转生获得新的生命！他在遥远的未来世界转生，得到了他所追求的“最适合魔法战斗的纹章”以及马丁亚斯这个名字。然而，这个纹章不知为何在这个时代被称为“失格纹”……在当代，魔法衰退，低水准的魔法理论是构成世界的基础。魔法战斗中最强的“失格纹”以及兼具贤者智慧的少年马丁亚斯，将不断打破世界常识！异世界纹章幻想谭，现在开幕！
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
岩谷尚文（石川界人 配音）是一个内心里充满了正义感的青年，对世界上发生的很多不公平的事情都深感愤怒。一次偶然中，他被传送到了异世界里，成为了能够使用各种各样不同功能的盾牌的盾之勇者。本以为可以就此展开伸张正义的旅途，哪知道刚刚过去几天，他就经历了战友的背叛，而且丢掉了所有的财物。尚文发誓再也不要信任这个世界里的任何人了。 就在这个节骨眼上，尚文的面前出现了一位名为拉芙塔利亚（濑户麻沙美 配音）的少女，拉芙塔利亚是一名奴隶，尚文决定用金钱来换取忠诚将她买下，在相处的过程中，拉芙塔利亚渐渐爱上了自己的主人。
C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
