工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
在蝴蝶屋结束修业之后，炭治郎等人抵达了下一任务的地方“无限列车”。在那里，短时间内有四十多人失踪。带着祢豆子的炭治郎与善逸、伊之助一行人，与鬼杀队的最强剑士“柱”之一的炎柱炼狱杏寿郎会合了。在通向黑暗的无限列车中，他们将面对潜伏在此的鬼。
上乃木遥（工藤晴香 配音）是一个普通的少女，从小她就拥有能看到幽灵的特殊体质。一日，一个名叫鸦（中井和哉 配音）的男子突然出现在了她的眼前，鸦告诉遥自己来自于15年后的世界，在那个时代中，世界被分割成许多的时空界，其中，最邪恶的香格里拉时空界一直妄图毁灭其他的时空界，而自己就是一直与之战斗的龙骑兵。他此次前来的目的是为了捕获可以确定未来的龙之转矩，而在现在，龙之转矩的所有者就是遥本人。 鸦曾经在自己的时空界里眼睁睁的看着遥死去，而现在，自己所爱的人就站在眼前，他决定背叛使命保护遥。为了得到龙之转矩，各色人等从未来穿越到现在，其中就有香格里拉时空界的佑，也被称作NOEIN，面对着两个外表相同却个性迥异的佑，遥会做出怎样的选择呢？
超古代的地球曾经拥有相当高度的文明，但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平，所以出动大军将人类文明彻底消灭。 时至现代，地球上已经筑起了新的文明，但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来，凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士，将担负起保卫地球的重任。
