在充满音乐风情的城市－加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏，虽然升上国中后的二人个性总是不合，但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时，音乐王国“大调岛”的精灵－哈咪出现了，为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符，所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心，一齐找寻飞散到人间的旋律音符，和小调岛的敌人来场音符抢夺战！
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。 欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。 与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。 其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。 正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路—— 围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
庆长19年，73岁高龄的德川家康为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。是愚笨的哥哥竹千代，还是天资聪慧的弟弟国千代。在这乱世里第三代将军的继承问题落到了两大忍术宗家－－甲贺流和伊贺流的身上。家康决定由两家各派出10名最优秀的忍者（真人电影版中为各5名），进行一场生死大对决，两派之中幸存下来的一方将得到千年的荣禄，并由其支持的一方继承人继承将军的名号。
