在充满音乐风情的城市－加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏，虽然升上国中后的二人个性总是不合，但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时，音乐王国“大调岛”的精灵－哈咪出现了，为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符，所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心，一齐找寻飞散到人间的旋律音符，和小调岛的敌人来场音符抢夺战！
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
リスティア国の片田舎の領地を治める下級貴族、オーンスタイン家。そこには、二人の姉弟がいた。 姉のマリーは、父から剣術の稽古を受けるのが大好きな活発な女の子。 弟のシオンは、部屋に籠もって本を読むのが大好きな内気な男の子。 性格は正反対の二人だが、優しい両親に見守られながら、仲睦まじく暮らしていた。 そんなある日、シオンは『まほう』というものがこの世界に存在するか、父に尋ねる。 しかし、貴族としてそれなりの教養がある父でも、『まほう』という言葉自体を知らなかった。 ましてや、シオンが言う「火とか水とか風とか光とか、何もないところからいろんなものを出したりする」現象など、この世には存在するはずもなく……。 その日から、シオンは目に見えて落ち込んでしまう。 シオンを励ましたいと、幼馴染みで農家の娘のローズに話すマリー。 すると、湖で不思議な現象を目の当たりにして――
真選組魔鬼副長——土方十四郎的身邊來了一個名叫佐佐木鐵之助的二打六。 這位鐵之助雖然來自幕府中菁英輩出的名門——佐佐木家，卻是個眾人束手無策的問題兒童，被各署踢嫌棄，最後被送來了真選組。 面對態度輕浮的鐵之助，土方雖然感到煩躁，卻還是努力保持理智，一直照顧他。就在某一天，遇見了在警察當中算是集結了眾多菁英的組織「見迴組」的局長——佐佐木異三郎。異三郎是鐵之助同父異母的哥哥，卻藐視鐵之助，叫他「不成材」或「二房之子」。 土方聽了動怒，直接挑釁異三郎。 因為他將找不到容身之處的鐵之助，與曾經是無可救藥的自己重疊在一起。 鐵之助得知了土方的過去，洗心革面，下定決心要以土方為目標，變得更強。 土方託付他幫忙寄送重要的信件，鐵之助全力要完成任務，卻在路途上被激進攘夷集團——知惠空黨綁架了。 他們的目的是抓走與警察有關係的鐵之助，當作人質，一口氣擊垮真選組與見迴組。 然而見迴組毫不理會人質，擊潰知惠空黨，甚至還企圖將責任全推到託付了鐵之助的真選組。 知道他是為了將知惠空黨一網打盡，將自己的弟弟當作道具利用，使土方激動不已… 真選組與見迴組即將爆發全面戰爭！！
与目前正在播出的TV动画版「暗杀教室 第二期」联动的「暗杀教室 第二期 课外授课篇」将于3月11日起在dTV独占配信。这次动画化的是在TV版中并没有出现的「竹林的一课」和「支配者的一课 第2节课」等。「课外授课篇」共4话，一话约5分钟 ，后追加4话，共计8话。
