Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
人才云集的精英校·秀知院学园，在该校的学生会相遇的副会长·四宫辉夜与学生会长·白银御行。无论任何人都认为十分般配的这两位天才，本以为很快就会喜结良缘，但碍于过高的自尊心而仍然未能告白!! “如何让对方告白”在这样的恋爱头脑战中穷尽智略的两人…其罕有的知性热失控!!已经完全无法控制!!恋爱让天才变成傻瓜!!新感觉“头脑战”？恋爱喜剧，再次开战!!
...
小早川流风和流水本来是一对感情很好的双胞胎，而且她们都爱上了田径队的当麻克之学长，可是克之却选择了妹妹流风. 在一次田径队举行的外出旅行中,流风一行人为了避雨而进入了一个山洞, 但是,山洞是一座古墓! 大家闻了其中的气体便一一倒下了。当流风苏醒时却发现只有自己和姐姐流水活了下来, 而且流水的行为变得异常诡异! 原来她们都中了古墓中的病毒，拥有了能自由漂浮和穿越物体的超能力，且能力在月圆时最强。流水与流风感染了两种截然相反的病毒，感染了流水病毒的人会丧失意志成为流水的傀儡，而流风的血可以让他们恢复正常。病毒让流水性情大变，出于嫉妒她坦言流风要让出克之之类的话, 并一次一次的迫害流风。由于流风也有同样的能力, 在紧要关头都能化险为夷。 得知真相的克之打算帮助姐妹俩恢复正常, 丧心病狂的流水却将克之的父母兄弟无情的杀害。流风约流水进行决斗,克之赶来,为化解姐妹俩的仇恨,克之甘愿被流水杀死,在最后关头,流水依旧无法下手,而独自离开...
由产业革命带动变化与更新的时代，然而，古老的生活习惯以及阶级社会仍然根深蒂固的存在——这就是19世纪末的英国伦敦。 在这样一个传统与革新，平等与歧视相交错的背景下，女佣与贵族的爱情就如同人鱼公主在化作泡沫前为王子流下的最后眼泪，凄美动人却转瞬即失。 生活在同一个国家，说着相同的语言，身份的差别却是割断两人爱情的天堑。浪漫奢华的时代氛围下涌动着的却是残酷现实的利益主义——《英国恋物语艾玛》，讲述的就是这样一个不能爱上女佣的时代。
随着恶魔觉醒，人类世界陷入混乱。性格温柔的男孩与恶魔合体，在神秘好友飞鸟了的指引下，卷入一场残酷、堕落的对抗邪恶之战。
