Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
東京都高度育成高等学校。 進学率、就職率100％を誇り、毎月10万円の金銭に相当するポイントが支給される楽園のような学校だが、その内実は一部の成績優秀者のみが好待遇を受けられる実力至上主義の学校だった。 問題児の集まるDクラスに配属された綾小路清隆は、Aクラス昇格を目指すクラスメイトの堀北鈴音に協力。無人島でのサバイバル試験を終え、豪華客船で束の間の休息を堪能するのだが……。 そこでは各クラスが入り乱れた新たな特別試験が始まろうとしていた。クラスのためか、グループのためか、あるいは個人のためか――。 他クラスが不穏な動きを見せる中、まとまりに欠けるDクラスは窮地に立たされる。信頼と疑念の狭間で揺れ動く生徒たちは、真実を看破できるのか。新たな学園黙示録が今、再び幕を開ける。
卖炭维生的善良少年炭治郎，某天家人惨遭鬼杀害。而唯一幸存的妹妹祢豆子，却变化成鬼。遭到绝望现实打击的炭治郎，为了让妹妹恢复回人类，为了被杀害的家人向鬼报仇，决定踏上”猎鬼”之路。
世界最强吸血鬼与剑巫少女所编制的故事现在，开幕——！！“第四真祖”——那是本应只存在于传说中的，世界最强的吸血鬼。驾驭着十二只眷兽、播撒灾厄的幻之吸血鬼，出现在了日本。为了监视、抹杀那个“第四真祖”，政府·狮子王机关决定派遣被称为“剑巫”的攻魔师。然而不知为何，被选为监视者的，却是见习中的“剑巫”少女，姬柊雪菜。雪菜携带着专门对真祖使用的最强灵枪，造访魔族特区“弦神市”。在那里遭遇到的“第四真祖”晓古城的真实身份是——！
