《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
叶苍玄，举世无双炼体老祖，向诸神发起挑战。然而只差最后一步时，不幸在十万天劫中身毁陨落。数年后，叶苍玄再次苏醒，回到曾经的故乡，凡界沧州。两千六百多年未回，这里早已物是人非。曾一手创建的青玄宗遭奸人所害，门庭凋敝，任人宰割，昔日的故交好友更是生死未卜，不知所踪。既然回来，叶苍玄决定整顿昔日因果。曾经的他强大无比，如今依旧纵横天地。最终待一切了结，叶苍玄还会再次挑战，登上大道的巅峰！
因一场以利益交换为目的的联姻，太玄楼刺客江元与九璇宗圣女韶月奉命成婚。两人在洞房夜发起暗杀，却发现彼此皆是不死之身。为了得到对方宗门的秘宝御妖铃、镇魔钟，两人从死敌转为表面夫妻，虚与委蛇。但两人尚不知道，对方也是家园被“虚无”所毁的外星遗民。这对宿命伴侣在戒备与试探中结成同盟，不仅要寻找遗失飞船化做的秘宝，更要对抗虎视眈眈的整个修仙界，在危机四伏中寻找击败“虚无”的希望。
被镇压千年的上古魔尊东方青苍重临三界，一经复生便掀起仙魔大战，却因灵力未复被战神九渊重伤。为脱身，魔尊与司命座下小仙小兰花互换灵魂，却不想难以控制魔力的小兰花，竟失手拍死自己的仙身，两人陷入共用一个身体的窘境。无奈之下，两人踏上寻找新肉身的旅途。一路上，两人历经种种，打打闹闹中小兰花对东方青苍暗生情愫，却不知此时的东方青苍只将她当做复活上古战神赤地的工具，而平静之下一场更大的阴谋正悄然进行……
