《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
本来只存于游戏世界的妖魔突然在现实世界降临，资深玩家顾青山与最终Boss同归于尽后，穿越回到末日尚未开始之时，利用战神系统与各种末日灾难、妖魔、邪恶势力展开激烈战斗的故事。
熊大、熊二、光头强意外地和来自未来世界的小亮一起穿越到100年后：世界发生巨大灾变，孢子植物全面侵占，人类在末日中艰难求生，整个地球危在旦夕！而这一切的罪魁祸首竟是......光头强？！ 100年前究竟发生了什么？小亮是敌是友？光头强为何背负恶名？人类命运最终会走向何方？熊强三人组能否穿透这层层迷雾，重启未来？
