时为战国。醍醐之国主景光,在某所寺院的大堂中,向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣,身体各处都有所欠缺,被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝,鬼神实现了与景光的约定,国家迎来了平安。这样的某天,名为“多罗罗”的年幼盗贼,与某个男人相遇。 那是鬼,还是人——两臂装有刀剑,全身皆为人造的男人“百鬼丸”,其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。
路德在天界是住在由罪犯的后代所居住的贫民窟里,他从小就被父母抛弃,后来被雷古特抚养长大。路德的双手不知为何有严重的烧伤,于是雷古德给了他一双手套遮住伤痕,而路德也非常珍惜这双手套。路德非常爱惜旧物,常常去天界人垃圾堆捡还可以修补的旧东西。但是有一天,一个神秘人闯入路德家并杀死了雷古特,路德被误认为是凶手,所以被判丢下奈落之刑罚,路德本来以为自己会死,没想到因此来到了下界……
高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活,但是,他却能看到妖怪,并因此而苦恼。很多次,他都差点被妖怪夺去性命。一次偶然的机会,夏目巧遇猫神。猫神告诉他,夏目的外婆玲子有一本“友人帐”上面记录了所有被玲子打败的妖怪的名字,玲子死后,妖怪为夺回名字,才纠缠夏目。只有把妖怪的名字还给他们,夏目才能恢复宁静的生活。为了回到宁静的生活,夏目与猫神拿着“友人帐”开始了寻妖之旅,一段段关于妖怪的感人故事,就这样被引出。
自西元20XX年,人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后,便开始对它进行研究,后来有人重建出来所谓的“神之语言”,并建立电脑程式以启动原始索哈尔,进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验,但很不幸地,从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移,使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”,人类因而被迫逃亡,离开地球。 到了四千年多后,在故事开始前十五的T.C.4753年,米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件,在此次事件当中,米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击,并在冲突事件后消失,但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后,启动原始索哈尔(后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体,因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔)所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物,都被封存在Y资料当中,而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内,然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺,因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府,英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg),以保护M.O.M.O.的安全。 另一方面,在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年,也就是大约在游戏EPI开始的时候,当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义,进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划,但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是,KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面,在EPI开始时,参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑,正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击,而KOS-MOS也在此时突然启动,卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋,以及会改变人类命运的事件当中……