时为战国。醍醐之国主景光，在某所寺院的大堂中，向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣，身体各处都有所欠缺，被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝，鬼神实现了与景光的约定，国家迎来了平安。这样的某天，名为“多罗罗”的年幼盗贼，与某个男人相遇。 那是鬼，还是人——两臂装有刀剑，全身皆为人造的男人“百鬼丸”，其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
27歳、過労死――。 こんな死に方は嫌だと思った矢先、神様が目の前に現れた。 「異世界に転生して、人類が存続するべきか どうか見極めて欲しい。 代わりに特別な力をあげよう」 それを聞いた主人公・みどりは、過酷な暮らしに疲れた心を癒やすため、思わずこう願ったのだった。 「もふもふ……もふもふ！ したい！！ この疲れた心を癒してくれるのは、可愛い動物のもふもふしかないの……！」 そんなこんなでみどりは異世界へ転生して、幼女・ネフェルティマとなる。ネマは《人間以外の生物から好かれる力》を授かっていた。動物はもちろん、白虎やドラゴンなどの聖獣、はてはゴブリンやフローズンスパイダーなどの魔物までもが、どうしてか彼女を好きになってしまうのだ！ しかしそんな彼女にも過酷な運命が 待ち受けており――。 人間と生き物たちとの共存を目指してがんばるぞ！ ネマのもふもふなでなでライフ、始まります♪
1912年，实业家涉泽荣一请到了土御门家的阴阳师平井保昌和物理学家寺田寅彦施行东京改造计划，运用灵力保护国都。魔人加藤保宪唤醒了一千年前的叛臣平将门的怨灵，企图毁灭东京。他选择了将门末裔辰宫由佳理作为灵媒。在平井以及大文豪幸田露伴的守护之下，加藤的阴谋没有得逞，但由佳理腹中却开始孕育拥有恐怖力量的新生命。平井在明治天皇驾崩之日自杀。1923年9月1日，加藤引发了关东大地震，在殊死搏斗中幸田将其打伤，最终将门怨灵没有觉醒，东京被保住了。在涉泽的努力下，东京迅速重建。1927年，日本首列地铁即将开通，而加藤放出的魔物妨害了这项工程，寺田运用西村真琴发明的日本第一台机器人解决了问题。不久后，加藤的能力完全恢复，企图再次破坏东京……
