故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
眼睛只看到金钱的江湖骗子灵幻新隆衣冠楚楚，道貌岸然，巧舌如簧，他以灵能力者的身份替委托者解决各种诡异事件，其实半点灵力没有。每当遇见真正的恶灵而又无法解决时，灵幻便会叫来他的弟子——真正拥有超强令能力的中学生影山茂夫（绰号“龙套”）。龙套君无论在学校还是家中都毫无存在感，呆呆傻傻的他隐藏着常人甚至灵能力者都难以想象的可怕力量。每当他的灵能力值达到100%时，他的对手必将遭遇有生以来最可怕的回忆。在与灵幻老师修行的过程中，龙套君遇到了各式各样的敌人，灵魂深处的自我也渐渐苏醒…… 本片根据漫画家ONE的同名原作改编。
平凡的大学生·野本裕也，与神秘少女·瞳相遇了。
在没有人烟的废弃场，野本目击到了她变成野兽的模样，与狮子怪物展开死战的一幕。他们的真实身份，是同时拥有人类的头脑与野兽的獠牙的“兽斗士（Brute）”。并且，瞳是隐藏着最强斗争本能的兽斗士“蜜獾（Ratel）”。
兽斗士们被自古以来支配日本经济的四大财阀三门、八菱、角供、石田所雇佣，并作为其代理人展开决斗，争夺霸权。之后，野本通过再次与瞳相遇，被卷入了这些兽斗士们的炽烈战斗“牙斗（Killing Bites）”当中——。
“你能，和我组一辈子乐队吗？” 高一的春末。羽丘女子学园里的学生基本上都组好了乐队， 推迟入学的爱音也在为了能尽快融入班级而急忙寻找乐队成员。 在这时候，知道「羽丘的小怪人」灯还没组乐队之后， 爱音不由自主地向她搭话…… 遍体鳞伤且蓬头垢面的，我们的“音乐（呐喊）”。 不畏迷茫，纵使迷茫亦要前行。
