故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
作为侯爵家的四子诞生的少年范恩自幼便被称为神童，备受期待。8岁时，他获得了被认为是毫无用处的「生产系魔术」。因此，他被父亲认为不配作为贵族，并遭到家族流放。因此，范恩被父亲认为不适合作为贵族，并被贴上失格的标签，随后被逐出家门。之后，范恩成为了一个无名边境村的领主，然而这个看似没用的生产系魔术，其实只要有材料就能生产任何东西，潜力惊人。在范恩的带领下，原本贫瘠的小村庄逐渐吸引各方人士，最终发展成为一座巨大的都市。
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从命运般的相遇开始的求婚、破公寓的新婚生活、结婚戒指、向父母打招呼，之后公寓被烧毁也没气馁，在昭和房屋里加深爱的新婚夫妇两人……丈夫的名字是由崎星空（NASA），妻子的名字是司。和可爱新娘充满心跳与兴奋的新婚生活，迎来了承蒙关照的有栖川家的绫和要，容易被骗的纯真少女·千岁和女仆们，还有新登场的优秀朋友们，两人的生活变得更加热闹！哎呀呀，两人的婚礼会怎么样呢！？
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
