《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
小天、小飞、小刚原本只是“希望市”里三个个性、理想与家境都截然不同的普通青年，因为各自特殊的才能，在因缘际会中住到了同一屋檐下，与同样具有神秘能力的密修者欢迎相遇，签下了铠甲契约，获得可以召唤源于阿瑞斯星球、结合宇宙最高科技结晶的高能战斗铠甲的能力，成为新一代代表正义力量的铠甲勇士——刑天侠、飞影侠及金刚侠，与以路法大帝为首的幽冥军团及其爪牙展开坚决斗争。路法大帝和他的幽冥军团早在一千年前就为了抢夺地球的核心“能晶”而来到地球，被同样来自阿瑞斯星球的第一代铠甲勇士经过了轮番血战之后，封印在镇魔塔内。一千年后，阻止路法大帝再次复活的正邪大战拉开了序幕，刑天侠、飞影侠及金刚侠成为战斗主力。
万物皆有灵，自然之力汇聚成了各种拥有意识的仙子。但是，由于人类不爱惜自然更有被封禁的力量觉醒，仙子们受到了伤害。人类少女遇到了来自水底的仙子，并与他相知多年。但是两人却无法跨越仙、人之隔。少女在奇妙的旅途中，决心寻找属于自己的力量。她相信人类也是自然的一环，定有人与自然和谐共存之法。她能否守护自然？
