一応中学的学生一堂零、冷越豪、出瀬潔、大间仁、物星大等五人，因在中学留级等原因，各自都拥有丰富个性且行为古怪的性格，被周围人视为名物团体“奇面组”而备受关注。转校生河川唯与同学宇留千绘一同目睹了“奇面组”的行踪，对他们产生了兴趣，开始与他们一起行动。此外，一応中学还聚集了多个个性鲜明的团体，如由切出翔带领、受女生欢迎的“色男组”，由似蛭田妖领导的不良团体“番组”，由云童块领导的擅长体育的“腕组”，以及由天野邪子领导的滑冰团体“御女组”等。从相遇到时光飞逝，他们迎来了新的春天——
紧身衣诱惑五人组大战外星纯真妖物九九八十一回合。 那个时代是‘龙之子’的天下，时间飞船、天空战记以及大名鼎鼎的科学忍者队，各自完成了老中青父子兵三代人的洗脑工作，完美收场。
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
