一応中学的学生一堂零、冷越豪、出瀬潔、大间仁、物星大等五人，因在中学留级等原因，各自都拥有丰富个性且行为古怪的性格，被周围人视为名物团体“奇面组”而备受关注。转校生河川唯与同学宇留千绘一同目睹了“奇面组”的行踪，对他们产生了兴趣，开始与他们一起行动。此外，一応中学还聚集了多个个性鲜明的团体，如由切出翔带领、受女生欢迎的“色男组”，由似蛭田妖领导的不良团体“番组”，由云童块领导的擅长体育的“腕组”，以及由天野邪子领导的滑冰团体“御女组”等。从相遇到时光飞逝，他们迎来了新的春天——
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
当红男艺人…其实是女孩子！？不受欢迎的大学生恭平唯一的骄傲就是，他和男艺人有栖川炼其实是表兄关系。长大后他们就再没见过面了，某个夜晚，炼竟然偷偷溜进了恭平的公寓！然而，却因一场意外发现炼其实是女生！？
高中二年级，辍学独自在东京工作并设定了上大学的目标的主人公。 被朋友背叛，不知所措的少女。 被父母抛弃，靠打工在大城市中勉强维生的女孩。 这个世界总是背叛我们。 事情总是无法按照我们的想法进行。 但是，我们还是希望喜欢上什么。 因为我们相信自己的位置一定在某个地方。 所以，我们歌唱。
天地混乱的混沌时代--有一块人和妖怪共存的土地，那里是文明和信仰之源--桃源乡。突然的异变和恐怖袭击了那土地，以往平稳生活着的的妖怪们失去了自我开始了暴走。异变的元凶是“将过去的大妖怪牛魔王给复活了”这件事。 由于在这个世界上被禁忌着的科学和妖术，现在牛魔王的复活要被完成了，负波动覆盖着大地。 看重这事态的天界，下达了请唐三藏去阻止牛魔王复苏实验的命令。同那不怕负波动的三人，孙悟空，沙悟浄，猪八戒一起前往遥远的西天·天竺国的旅行开始了。 与此同时，在天竺国吠登城里，牛魔王复苏实验的策划者张本人，牛魔王的情人玉面公主，向红孩儿下达了除掉三藏一行的抹杀令。红孩儿是牛魔王的儿子，为了救出被玉面公主诅咒封印起来的母亲，同仰仗他的心腹一起发起了挑战。 三藏他们能阻止牛魔王复苏实验，能使走向毁灭的桃源乡再次恢复和平吗？
