在公元已经足以纪年的未来，一个称作“R.U.C.”的巨大企业创造了巨大的高现代化都市，而人类就在其中创造着新的历史。 秘密被制造出来的“索尔提”是世界上唯一的全部由机械制造的人形生命，同时她也拥有着自我的意识。不久，索尔提逃出了出生的地方，为了躲避来自秘密势力的追捕而在城市里逃亡。失去了记忆，也不知道该去何方的她，在城市里陆续结识了善良的人们，开始象一个凿凿有据孩子那样成长……
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
路德在天界是住在由罪犯的后代所居住的贫民窟里，他从小就被父母抛弃，后来被雷古特抚养长大。路德的双手不知为何有严重的烧伤，于是雷古德给了他一双手套遮住伤痕，而路德也非常珍惜这双手套。路德非常爱惜旧物，常常去天界人垃圾堆捡还可以修补的旧东西。但是有一天，一个神秘人闯入路德家并杀死了雷古特，路德被误认为是凶手，所以被判丢下奈落之刑罚，路德本来以为自己会死，没想到因此来到了下界……
从命运般的相遇开始的求婚、破公寓的新婚生活、结婚戒指、向父母打招呼，之后公寓被烧毁也没气馁，在昭和房屋里加深爱的新婚夫妇两人……丈夫的名字是由崎星空（NASA），妻子的名字是司。和可爱新娘充满心跳与兴奋的新婚生活，迎来了承蒙关照的有栖川家的绫和要，容易被骗的纯真少女·千岁和女仆们，还有新登场的优秀朋友们，两人的生活变得更加热闹！哎呀呀，两人的婚礼会怎么样呢！？
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
