西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。 仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用＜人造人＞士兵展开反攻作战。 然而无限增加的＜机械生物＞阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人＜寄叶＞部队至地球。刚被派往地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……。 这是关于为人类而战，无生命＜人造人＞的故事－－ PS：Automata指的是“自动人形”，别再机械纪元求求了。
有一天，馬古路星人及孿生怪獸來襲地球。當時身任地球防衛隊MAC的隊長諸星團，立即變身為賽文奧特曼迎戰。但不敵，幸得雷歐奧特曼現身相助，才合力把怪獸趕走。 在此戰役中，諸星團因傷重而瘸腿，且損壞了奧特眼鏡，便再不能夠變身成賽文了。因此，他誠邀鳳源（雷歐奧特曼）加入MAC，並委以保衛地球的重任。
少年×少女×付丧神。经过漫长岁月的器物，最终其有了“心”，即为付丧神的诞生。因付丧神将重要的人夺走，因而憎恨著期的青年·岐兵马。与六名付丧神同住，像“家人”般爱着他们的少女·长月牡丹。于千年之都的京都，两人相遇了，并一起同住。在前途多难的屋檐下，三者展开了交错的共同生活。人与物。羁绊与恋情的付丧神物语。
拥有一头乌黑长发和白皙皮肤的高中女孩黑泽爽子（能登麻美子 配音），大概是过于内向不善交际的缘故，虽然她是如此善良且乐于助人，可是仍然被周围的同学认为过于阴郁，而刻意疏远躲避，甚至称之为“贞子”。即便如此，爽子也不愿争论和辩解，默默承受着这一切。然而独独有一个人主动接近了她，这就是爽子的同班同学——英俊帅气且备受欢迎的风早翔太（浪川大辅 配音）。由于翔太的努力，同学们渐渐接受了爽子，爽子也体会到同龄人应有的快乐。时光流逝，某种难以名状的情感在爽子和翔太的心中滋长，橙色青春，如此难忘…… 本片根据椎名轻穗的原著漫画改编。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
