我一定会拯救你。在打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当——培提其乌斯·罗曼尼康帝之后，菜月昴和爱蜜莉雅又得以重新开始。克服了艰难的诀别，两人终于和解，然而这只是新一轮风波的序幕。超乎想象的绝境危机，接踵而至的残酷现实。少年将再次直面残酷的命运。
由于父亲欠下了一屁股债人间蒸发，无家可归的女儿桃园奈奈生（三森铃子 配音）只得流浪街头。在这途中，奈奈生帮助了一位被恶狗追逐的男子，男子告诉奈奈生自己名叫御影（石田彰 配音），而在得知了奈奈生的遭遇后，他意外的提出将自己的住处让给奈奈生。一间荒芜的神社——这便是御影所说 的住处，奈奈生自觉上当，却也没有别的地方好去。更令她吃惊的是，御影竟然是神社的土地神，而如今，土地神的头衔，自然也随着住处转嫁到了奈奈生的头上。 莫名其妙的成为了土地神，而身边又出现了称她为“主人”的神使巴卫（立花慎之介 配音），奈奈生还未搞清楚状况，各路个性可爱又调皮的神灵就接二连三的降临到了她的身边。
为了整理外婆的遗物，主人公鹰原羽依里在暑假独自来到了鸟白岛。 走下一天只有几趟的渡轮，他遇见了一位少女。她任凭海风吹拂着发丝，只是眺望着……那水天相接的边境。回过神来，那位少女不知已经去往何方。羽依里似乎有些怅然若失，但他还是向外婆家走去。 有一位羽依里的小姨住在外婆家，她已经开始在那里整理遗物了。羽依里帮忙整理着充满着外婆回忆的遗物时，也逐渐适应了初来乍到时让他无所适从的“岛上的生活”。 在都市生活中无法体会到的，与大自然的邂逅。这样的岛上生活，能让他想起曾经遗忘的，值得怀念的点点滴滴。 与眺望着大海的少女相遇。 与迫寻奇幻蝴蝶的少女相遇。 与寻找回亿和海盗船的少女相遇。 与住在宁静灯塔的少女相遇。 在岛上结识了新伙伴——曾经想着，如果这个暑假永远不会结束就好了。
故事发生在上野公园内，这座表面上看起来平平无奇的公园内，其实隐藏了一个小小的正义团队“COLORS”，而团队中的成员，均为可爱活泼的小学女生。为了守护上野的和平，赶跑企图策划阴谋的坏人，三个女孩每一天都在努力着。 结衣（高田忧希 配音）是COLORS的领队，拥有着凝聚人心的气场。虽然平日里是个性格十分胆小的好哭鬼，但一旦被惹怒，便会展现出非常恐怖的一面。小幸（高野麻里佳 配音）的家中经营着一间蔬果店。做事咋咋呼呼的她是身体比头脑先一步行动的类型，常常因此而惹出笑料。琴叶（日冈夏美 配音）是一个沉迷于游戏的宅女。
在“幻影帝国”的猛烈进攻中的地球，光之美少女是世人共识的存在，人们不时从新闻中解了各小队所属的国家战斗。成为了‘最坏兽’攻击目标的“蓝天王国”公主----白雪 姬，在一次侵略之中逃到日本，在逃亡的过程中遇见了地球的守护神“蔚蓝”。蔚蓝赐予她成为光之美少女的使命，不过孤僻的小姬对于这份使命感到极为恐惧，于是她选择了逃避。蔚蓝于是再给予小姬一份称为“爱的结晶”的力量，让她能够寻找命运中的同伴。怕生的小姬真心想交到朋友，却不知道如何运用结晶，结果只想着“这个砸到的人就是我的朋友!”就把它丢了出去。就这样，「爱的结晶」砸中了人生中第一个朋友与伙伴－－爱乃 惠。
这座城市住着众多的神，其中心存在着通往地心深处——深渊的“地下城”。城市的名字是迷宫都市欧拉丽。女神赫斯缇雅与冒险者贝尔·克朗尼，一如既往地是主神和仅仅一名眷族的最小构成。但达成了世界最快升级这一伟业的贝尔，开始受到前所未有的的万众瞩目——迷宫中的相遇，以及冒险——这是再次开始编织的，少年所走过的，女神所记录的【眷族物语】
