主角大狼十三自小被组织捡养，并成为传说级杀手。某次任务中，他遭到神秘生物兵器刺中，竟意外变回中学生的模样，从此开始了国中生活……
“难道你对我的手指有情欲?”
“富美”在都市的人气沙龙当助手。
每天接受憧憬的有超凡魅力的美容师苍甫的严格指导，每次被他碰触，富美都会心动。
某天打烊后，苍甫在洗头台作为富美的练习对象。
“把水泼到了苍甫身上！？要挨骂了？”富美如此想道。
就这样被吸引……
“为什么我不能碰你呢？”
苍甫使坏地微笑着，仿佛看穿了她的心。
指尖开始抚摸身体的各个角落……
——这个手指……我已经无法拒绝了。
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。
