房东妹子青春期！

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

　　全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。                                    
                               　　拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。                                    
                               　　“从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。                                    
                               　　在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！                         

　　玄关门一打开，眼前冒出了一位小学女生——                                    
　　“我依照约定来了，请收我为弟子！”                                    
　　年仅十六岁便拥有将棋界最高头衔“龙王”的九头龙八一家里，出现一位名叫雏鹤爱的小学三年级生，九岁。                                    
                               　　“什么？……弟子？你在说什么？”                                    
　　“……您不记得了吗？”                                    
　　八一对自己答应过的事情完全没有印象，却展开了与小学女生同居的生活。受到爱直率的热情影响，八一也逐渐取回险些丧失的热忱——                         

　　小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。
　　地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。