在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。 初中一年级的天之河宙，启动了父亲留下的“数码暴龙机”开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”......
“阿黄”和“阿红”是两只臭屁虫，住在一幢被摩天大楼包围着的老房子里。对他们俩而言，人类留下的廉价食物给他们带来了厨房体验，老房子里的老物什更是他们完美的玩物。他们互相打闹，争抢着那些人类不需要的东西，也一起被老屋中的宠物狗或者鹦鹉追赶。暴躁的“阿红”和贪吃的“阿黄”日复一日地上演着滑稽搞笑的生存游戏。
在白天，羽丘芽美（樱井智 配音）是就读于圣波利亚学院二年级的普通女生，可是一到夜晚，她就会变身成为行侠仗义的怪盗圣少女，在好友深森圣良（井上喜久子 配音）的帮助下展开劫富济贫的行动。芽美最大的对手不是别人，正是同班同学，自称为名侦探的飞鸟二世（冈野浩介 配音）。飞鸟强烈的正义感让他下定决心，誓要揭开圣少女的真正面目，父亲刑警的职业也为飞鸟的抓捕行动提供了便利，虽然屡屡经历失败，但飞鸟并没有因此而气馁。 其实，飞鸟一直占据着亚美作为普通少女的内心，但碍于身份无法向他表达，游走在双重身份之间也让亚美经历了一些特殊的惊险时刻。一个不断追捕，一个不断逃避，最终这本性善良的两人竟会迎来怎样的结局呢？
