真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
1997年2月から1998年1月までテレビ放送された、リメイクヴァージョン。『美少女戦士セーラームーン セーラースターズ』の後継番組として製作さた。 本作におけるハニーはアンドロイドでは無く空中元素固定装置によって生み出された人造生命であり、最終回では青児との間に生まれた娘が登場している。また、ライバルとしてもう一人のハニー『ミスティーハニー』が登場している。 この作品では永井豪は「原著作」である。その上で、実質の原作者・飯坂友佳子が少女漫画に翻案した形で企画当初より参加・コミカライズした。 番組終盤にハニーをサポートする女性科学者役として初代ハニー役・増山江威子がゲスト出演している。 第1作と比べかなり少女アニメらしい作品になった。これは枠として『セーラームーン』の視聴者層にそのまま見続けてもらうために制作されたためである。『キューティーハニー』の原作や第1作のようなギャグ・お色気要素が少ない。あわせてオリジナルシリーズにはなかった恋愛、近親憎悪、三角関係、結婚、出産などの女性視聴者を意識した要素が加えられた。 バンダイのアンケートによると、1997年の「好きなキャラクター」で3歳～5歳女児と6歳～8歳女児の2部門で本作が1位を獲得している。 10月以降は土曜18:30から（ただし関西地区は放送時間繰上げ）に変更になったが、およそ一年で終了、次番組『アニメ週刊DX!みいファぷー』に交代した。 朝日放送では放送時間移動を機に提供表示がブルーバックに変更されるとともに、提供クレジット時のBGMも廃止された。
