在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
C.E.75 ，战斗还在持续着。 来自独立运动“蓝色宇宙”的进攻…… 为将事态平息，以拉克丝为第一任总裁的世界和平监视组织·COMPASS 成立，基拉等人作为其中的一员介入各地的战斗。 就在这时，新兴国家“凡恩戴森”提出对“蓝色宇宙”根据地的联合作战。
三浦建太郎剑风传奇的世界，是一个典型的人性旋涡。与其说人被掌握在命运手中，不如说是被人类本身的情感所玩弄。欺骗、背叛、伤害，这些字眼，完完全全出自于人类为之自豪的感情。剑风传奇架设于一个血统决定一切的社会里。在那个地方，无所谓公正与公平。寄生在下层阶级上的贵族，不断以荣誉、服从、高贵、正统来抹杀下层人的存在。而在那种社会里，出生平民的格里菲斯却远远望着远方的城堡，心中涌起无限的向往。对权利的向往，使得他走上了一条由杀戮铺成的梦想之路。格里菲斯的野心与才能造就了鹰之团的盛名。他的梦想同时也吸引了无数也想达到那个城堡的人义无反顾地追随着。
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真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
