年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。 几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
稻叶夕士（阿部敦 配音）是刚刚考入了东条商校就读的一年级男生，因为童年时代的不幸遭遇，稻叶一直以来都寄宿在亲戚的家中，过着寄人篱下的生活。如今，考上了寄宿制的高中，稻叶对未来自由的生活充满了憧憬。 稻叶搬进了名为寿庄的公寓里，让他没有想到的是，这并不是一间普通的公寓，而是妖怪和人类混居的妖怪公寓，稻叶的房东，就是一只外表如同黑色企鹅一般的妖怪。克服了刚开始的恐惧心理，稻叶开始了和妖怪们的同居生活，随着时间的推移，稻叶发现这些外表诡异的妖怪们，实际上拥有着善良的内心。它们的存在渐渐治愈了稻叶心中的伤痕。
