在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
故事发生在地处偏远的私立八光学园之中，一直以来，八光学园都以极为严明的校风，以及培养真正的淑女而闻名遐迩。然而，自2011年4月起，学园由单纯的女校改为了男女混校，五位并不“高贵”亦不“纯洁”的男生首次踏上了这片从未遭受过“污染”的“圣地”。
各方面都只能用平凡来形容的藤野清志（神谷浩史 配音）、喜欢研究三国志的诸葛岳人（小西克幸 配音）、清志的中学好友若本真吾（铃村健一 配音）、身体虚弱沉默寡言的根津让二（浪川大辅 配音）和抖M宅男安堂丽治（兴津和幸 配音），当这胆大包天的五人决心进行女子澡堂偷窥行动而后彻底暴露被捕之时，等待着他们的竟然是冰冷的铁窗，和来自于里学生会成员们的残酷折磨！
「神健」是个在路边修车勉强维生的修理工，然而大部分都被认为是个路边的骗子。有一天，神健遇到了花钱不眨眼的「杰伊克」，为了可以保住这个「贵客」，神健在修车时动了个手脚，只为了让杰伊克的车几天后自己故障，然后再次找自己修车。原以为自己抓到了一只肥羊，然而知道杰伊克与危险的事件有关联后，一心只想摆脱杰伊克的神健却越是挣扎越是无法摆脱⋯
とある質屋の看板娘・美尋。 いつもと変わらないある日。 愛犬ひなの強烈な頭突きにより意識を失い、目覚めるとそこは不可思議などうぶつ世界だった。 右も左も分からない状況で衝撃の事実を聞かされるとともに否応なしに「どうぶつ質屋」で働かされることになる美尋。 お店から開放され、元の世界に戻れる日を目指して……。
原作的特别篇中描绘的，追加了L和怀米斯小屋的孩子们对话的场面。
本篇从月通过高田向基拉代理中的魅上可命令的状态开始。因此，从一开始海砂就没有笔记本的记忆。
月，TV演出的基拉反对派，魅上照全部肃清的场面追加。
第三本的笔记小故事全部被省略，随之发生了以下的变更点。
只有在影片开头(包括尼娅的回忆场面)和夺回照片、绑架高田时才有出现。
黑手党和死神都不登场。
SPK成员的大量杀戮从梅洛和黑手党变成了基拉(月从美国总统那里敲诈成员名单，高田将其传达给魅上并让他写在笔记本上)。
夜神总一郎已被排除在搜查之外，虽然他还活着，但他不会登场。
伊尔-拉特的名字和肖恩-丹利比的本名的设定复活。(本人和TV系列一样，只是SPK的成员)。
梅洛将自己调查的基拉信息经由丽德纳提供给了尼亚，尼亚在梅洛取回照片之前确信笔记本上的规则是假的。(梅洛脸上的烧伤是存在的)
尼亚与夜神月的首次接触是在与高田幽会之后的手机通话。同时，此时也在呼吁其他搜查人员。
高田知道X基拉的真正身份是魅上。
马特在原作及TV系列中被绑架到高田时被杀害，但在SP版中却只字不提。
随着原作及TV系列中高田知道梅洛本名的情节被删除，追加了高田拥有死神之眼的设定。
除去月的日本搜查本部的成员，和包含尼亚的SPK的成员认知琉克的描写被删除，故事在一次都没有见面的情况下进行。
最后追加了相泽和松田发现月之遗体的场面，魅上和月之遗体分别放映的片段。
