极限少女

　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

　　就读穗群原学园的普通女生伊莉雅，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅。此时已是红宝石之星持有人的她，也变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收职阶卡片。有一天遇到了从凛手上逃出来的万花筒之杖，并被强制变成魔法少女，成为魔法红宝石的持有人，被魔法红宝石的原主人凛强制要求帮其收回卡片。借由魔法红宝石的力量变身为魔法少女·Prisma伊莉雅。平常喜欢看魔法少女的动画DVD，所以愿望是成为魔法少女。就读穗群原学园小学部，兴趣是看动画。跑50米短跑总是不输给男生，但是却输给美游。因处理地脉正常化的仪式出了差错，导致从伊莉雅身上分离出来并实体化的人格。皮肤较伊莉雅黝黑，发色也偏银色，服装类似Archer，但比较裸露。性格较伊莉雅来的狡猾，但除了凛、露维亚、美游及伊莉雅的母亲外，没人认得出来她不是伊莉雅，为了方便和伊莉雅区别，而被凛取名叫“小黑”，而克洛伊·冯·爱因兹贝伦为自己掰出来的名子。原本为了抹除伊莉雅而不择手段的攻击，但被凛及露维亚活捉，并被下了共享痛觉的血印诅咒，计划因此泡汤，之后转学到伊莉雅班上。伦敦时钟塔的魔术师，魔法红宝石原持有人，根据大师傅的命令而与露维亚一起来到冬木市进行卡片的回收工作。擅长的魔术是宝石魔术，本期时钟塔的首席候选。刚刚留学。因使用魔法少女的力量与露维亚争执，而被红宝石抛弃。本作的凛个性较为活跃；服装也较为多变与少女化倾向。而第二部开始，因为宝石用完却没钱补充的关系，便在露维亚的家中担任女仆，对士郎有好感。与凛一起回收卡片任务的魔术师。魔法莎菲亚的原持有人，由于在冬木市的上空与凛开始争执而被魔法蓝宝石抛弃。芬兰人，是魔术世家艾德费尔特当家，虽然非常富有但本身却非常讨厌无谓的花费；和远坂凛同样擅长宝石魔术，曾说过：“荷包的深浅之别就代表战力之间的决定性差距！”在时钟塔留学时遇见与自己能力类似的远坂凛，因个性不合导致两人交恶，甚至是已经到了水火不容、一山不容二虎的地步，每次一见面绝对是以开战收场，对士郎有好感，总会妄想自己与士郎结婚的未来。自称爱和正义的魔法杖。被称之为愉快型魔术礼装，虽然是人工天然精灵但是性格恶劣。第二魔法的应用的一级品的魔术礼装。能够使用多元转变，让使用者能够下载平行世界的技能。在变身的同时能够让使用者使用A级的魔术障壁、物理保护、促进治疗、身体能力强化等常备能力。

在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裏又看到另一羣孩子們拼命求生存的身影……。

“这里……是哪儿……”                                                                      　　察觉到的时候，桐人不知为什么陷入了庞大的幻想风格虚拟世界。登录前的记忆模糊不清，只得在周围徘徊寻找线索。                                                                      　　之后，来到漆黑的巨树“基家斯西达”旁边的他，同一名少年相遇了。“我的名字是尤吉欧。请多关照，桐人君。”少年是在虚拟世界的居民――即“NPC”，但是却如同人类一样拥有“丰富感情”。                                                                      　　在和尤吉欧加深交往的同时，桐人也在摸索着登出这个世界的方法。在桐人的脑海中，某一个记忆苏醒了。那是幼年时的桐人和尤吉欧在山野奔跑的记忆――原本，不可能存在的记忆。而在那个回忆中，除了尤吉欧还有一个金发少女的身影。她的名字，是爱丽丝。绝对不应该忘记的、重要的名字。

　　和他同乘一班列车的少女桂言叶（冈嶋妙 配音）让伊藤诚（平川大辅 配音）久久不能忘怀，两人看似遥远的距离被日复一日的电车生活慢慢拉近了。在青少年间有一个传说，如果把喜欢的人的照片设置成为手机背景并且3个星期不被人发现的话，就可以实现成为恋人的愿望，虽然诚并不相信，但为了抒发他对言叶的感情，他仍然照做了。诚的同桌西园寺世界（河原木志穗 配音）发现了诚的秘密，热心的她决定帮助诚达成他的愿望。但在这过程中，西园寺世界发现自己对诚的感情有了微妙的变化，看着满眼只关注着言叶的诚，西园寺世界的心情非常复杂。
　　诚终于向言叶坦白了自己的心情，两人相约在车站见面，然而满心欢喜来到车站的诚却发现，等待着自己的是西园寺世界。天生优柔寡断的诚无法妥善的处理这复杂的三人关系，一系列不负责任的错误选择把诚推向了无法挽回的悲剧之中。