进入21世纪已有近20年，在人们已忘记了妖怪存在的现代。
科学无法解明的现象频发，流言飞语散布各处，大人们只能疲于奔命。
希望想办法解决这一情况而写信给妖怪信箱的13岁少女·真奈的面前，
随着咔哒咔哒的木屐响声，鬼太郎来到了…。
上杉风太郎（松冈祯丞 配音）是就读于高中二年级的平凡男生，唯一的亮点就是学习方面异常的优秀，每次考试都能得到满分。上杉的家境非常的贫穷，欠下了巨额债务，为了还债，上杉不得不开始勤工俭学，受中野一家人的聘用，成为了中野家五姐妹的家庭教师。 有些腹黑的小恶魔中野一花（花泽香菜 配音）、个性傲娇厨艺绝佳的中野二乃（竹达彩奈 配音）、大大咧咧沉迷于战国时期历史的中野三玖（伊藤美来 配音）、非常擅长运动的元气少女中野四叶（佐仓绫音 配音）和个性有些要强的傲娇少女中野五月（水濑祈 配音），在这五位大小姐的包围下，上杉能够顺利完成自己的教学任务吗？
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。
负责医治地球的异世界“治愈花园”被企图用疾病侵蚀地球的敌人“病幻者”袭击而陷入危机，地球亦陷入危机之中。 为了挽救这个危机，顺利逃走的3只“地球医生见习生”的“治愈动物”们，带着藏有神秘力量的治愈花园的公主拉特，正在前去寻找拍挡。 三名普通少女先后遇到“治愈动物”，变身成光之美少女，向“病幻者”宣战。 感应到“病幻者”的攻击而失去生机的拉特，重要的地球，还有在这里生长的所有生命，抱持保护这一切的感情的光之美少女，现在，把治疗地球的力量结合起来吧！ 那开始吧！光之美少女的作战！
