2006年7月にPlayStation2用ゲームソフトとして発売され人気を博した「ペルソナ3」の劇場版アニメーション。1日と1日の狭間に存在する「影時間」に出現する異形の怪物「シャドウ」。彼らに対抗できるのは、「ペルソナ」と呼ばれる特殊能力を持つ者たちだけだった。私立月光館学園に転校してきた結城理はペルソナの力に目覚め、同じペルソナ使いたちで構成される特別課外活動部に引き入れられる。しかし、部員たちはそれぞれの理由で影時間の真相を追う中、想像を絶する運命と対峙することになる。
神様の手違いで死んでしまった主人公は、異世界で第2の人生をスタートさせる。彼にあるのは神様から底上げしてもらった身体と、異世界でも使用可能にしてもらったスマートフォン。様々な人達と出会い、大切な仲間を得ていく中で、いつしか主人公はこの世界の秘密を知る。古代文明の遺産を受け継ぎ、お気楽な世界の王たちと力を合わせながら、彼はのほほんと世界を巡っていく――
野矢一树是海老栖川高中的新生，想加入天文部的他却误打误撞加入了名为天闷部的女子集团，故事由此展开……
