主角大狼十三自小被组织捡养，并成为传说级杀手。某次任务中，他遭到神秘生物兵器刺中，竟意外变回中学生的模样，从此开始了国中生活……
原本期望能成为魔法少女的女主柊舞缇娜，某天突然遇到像吉祥物的生物，获得能变成邪恶组织女干部的能力，并与原本憧憬的魔法少女们对抗。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
19世纪英国——名门贵族凡多姆海威家的管家塞巴斯蒂安·米卡利斯和13岁的主人夏尔·凡多姆海威一起以“女王的看门狗”的身分负责地下社会的肮脏工作。 受女王之命，塞巴斯蒂安和夏尔前往德国调查不可思议的死亡事件。 寻找真相的两人进到只要踏入就会被诅咒致死的“人狼之森”，可怕的诅咒从天而降……
