「旭丘分校」的学生，仅有五人。 虽然学年性格各不相同，但大家一起做菜、一起捉虫、一起试着练习乐器……春夏秋冬四季变换的乡村生活，一直都那么让人兴奋。 虽然一如既往地平和，但在欢笑和感动当中，心中也变得温暖起来。 悠哉悠哉的几位成员所度过的日常，再一次开始了。
随着人类大规模的从事宇宙活动，在人工卫星上生活的调整者和在地球上生活的自然人之间的矛盾日益尖锐。在C.E70年2月14日，被后人称之为的“血色情人节”，由调整者殖民卫星组成的专门军事组织“Z.A.F.T.”，即扎夫特，和以大西洋联邦为首的地球联合军终于撕破脸，惨烈的宇宙战争自此爆发。 调整者阿斯兰（石田彰 配音）的母亲在“血色情人节”里不幸丧生，让其决定加入扎夫特，参与夺取由地球军秘密研制的新型高性能机动战士的计划。与扎夫特对立的地球军则积极反抗，阿斯兰的儿时好友，同样身为调整者的基拉（保志总一朗 配音）偶然中被拉进地球军的阵营，抢夺还未被劫走的高达。在这一系列的行动中，基拉展现了强大的战斗力，也在对立的情况下，和阿斯兰重逢，爱恨纠缠战争与和平的故事就此拉开序幕……
拥有一头乌黑长发和白皙皮肤的高中女孩黑泽爽子（能登麻美子 配音），大概是过于内向不善交际的缘故，虽然她是如此善良且乐于助人，可是仍然被周围的同学认为过于阴郁，而刻意疏远躲避，甚至称之为“贞子”。即便如此，爽子也不愿争论和辩解，默默承受着这一切。然而独独有一个人主动接近了她，这就是爽子的同班同学——英俊帅气且备受欢迎的风早翔太（浪川大辅 配音）。由于翔太的努力，同学们渐渐接受了爽子，爽子也体会到同龄人应有的快乐。时光流逝，某种难以名状的情感在爽子和翔太的心中滋长，橙色青春，如此难忘…… 本片根据椎名轻穗的原著漫画改编。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。
