高中二年级，辍学独自在东京工作并设定了上大学的目标的主人公。 被朋友背叛，不知所措的少女。 被父母抛弃，靠打工在大城市中勉强维生的女孩。 这个世界总是背叛我们。 事情总是无法按照我们的想法进行。 但是，我们还是希望喜欢上什么。 因为我们相信自己的位置一定在某个地方。 所以，我们歌唱。
「在逐渐沉没的世界，我找到了你。」 在近未来，不明原因的海平面上升导致大面积地表被海水淹没。 幼时因意外事故失去了一条腿的少年斑鸠夏生厌倦了城市生活，迁居到了海边的乡村小镇。 他无亲无故，留给他的只有曾属于海洋地质学家的祖母的船和潜水艇，以及债款。 夏生为了取回自己“失去的未来”，潜入大海寻找据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。 他在那里找到的，是沉睡在棺材状装置中的神秘少女——亚托莉。 她是几乎与人类无异的，精巧且感情丰富的机器人。 从海底被打捞上来的亚托莉说道。 「我想完成主人留下的最后一道命令。在那之前，我来做夏生的脚！」 在逐渐沉入海中的安宁小镇，少年与机器人少女难以忘怀的夏天开始了——
少年牧真人（山时聪真 配音）的母亲葬身火海后，他随父亲牧胜一（木村拓哉 配音）与继母夏子（木村佳乃 配音）组成新家庭。深陷悲伤的真人阴郁孤僻，难以融入新环境。一次意外，他跟随一只会说话的苍鹭（菅田将晖 配音）闯入废弃的神秘塔楼，却不料进入了奇幻的“亡灵世界”，开始了一场不可思议的冒险…… 影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名小说，但电影故事由宫崎骏原创。
