在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
21世纪。人类终于实现了与其他智慧生命体的接触。但，这一相遇却并非幸福之物。 从地冥界侵入的怪物，将大多数现代兵器无效化，人类的命运如同风中残烛。 但在同样为地冥界所苦的精灵环境条约机构的协助下，人类获得了起死回生的一着棋。那就是魔法少女。 获得强大魔力的少女，即使在身心多处负伤的同时，仍然将人类引导向胜利，并终于使大战结束。 但，这只不过是新的战争的开端而已。国际犯罪、无差别恐怖袭击、内战、纷争……。 魔法少女的战斗没有结束——
