奥林匹克众神中不乏妄图统治天空、海洋、大地的野心之辈，在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。 数千年后，圣斗士刚刚结束与海王波塞冬的苦战。遥远的东方，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。哈迪斯将历次战争中死去的圣斗士复活，撒加、卡妙、米罗这些曾经风光无限的黄金圣斗士，如今披上黑光闪闪冥衣，向他们曾经守护过的圣域发起攻击……
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
很久很久以前，位于天空的白之王国和位于地上的黑之王国，一边保持着〈均衡〉一边进行着〈循环〉。但在某一时刻，强大的暗之王出现了。暗之王在侵略白之王国的同时，为了讨伐眼中钉巴尔而提议结下盟约。光之王艾莉丝，相信了使者阿德尔所说的盼望〈均衡〉的言语而结盟。即使在遭到阿德尔袭击之后，艾莉丝仍然相信斩杀了阿德尔的暗之王子，并立下一同为世界带来和平的〈约定〉。但两人的〈约定〉却遭到暗之王的践踏。不只是白，就连黑也企图毁灭的暗之王。发觉这一点的暗之王子，在地底发出哀叹之后，得到了飞越天空的力量，前往艾莉丝所在之处。暗之王子在镇压暗之军势，向艾莉丝伸出手的同时，一个世界宣告了终结……
