这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪... 在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
東京都高度育成高等学校。 進学率、就職率100％を誇り、毎月10万円の金銭に相当するポイントが支給される楽園のような学校だが、その内実は一部の成績優秀者のみが好待遇を受けられる実力至上主義の学校だった。 問題児の集まるDクラスに配属された綾小路清隆は、Aクラス昇格を目指すクラスメイトの堀北鈴音に協力。無人島でのサバイバル試験を終え、豪華客船で束の間の休息を堪能するのだが……。 そこでは各クラスが入り乱れた新たな特別試験が始まろうとしていた。クラスのためか、グループのためか、あるいは個人のためか――。 他クラスが不穏な動きを見せる中、まとまりに欠けるDクラスは窮地に立たされる。信頼と疑念の狭間で揺れ動く生徒たちは、真実を看破できるのか。新たな学園黙示録が今、再び幕を開ける。
泷口宵虽然是个女生，但是她长相俊美，举止也很潇洒帅气，所以被同学们称为「王子」。虽然宵也想象漫画里的女主角谈场恋爱，但是男生们都因为宵长得太帅气，所以没把她当成女生，所以宵很早就放弃谈恋爱了。可是有一天，宵认识了一个帅气的男生市村琥珀，琥珀是大了宵一岁的学长，他因为家里有钱，而且长得很帅，所以也被大家称为「王子」。琥珀第一眼见到宵就被她吸引，后来也常常找机会接近宵。宵一开始很讨厌这个举止轻浮的学长，但是后来渐渐发现琥珀的优点…
花坂结衣（市道真央 配音）是一名十七岁的女子高中生，为了应对即将到来的升学考试，她从家乡搬到了东京，来投奔在这里生活的姐姐。虽然结衣平日看起来有些呆呆的，但实际上却是一个非常乐观和努力的姑娘。桃原奈月（村川梨衣 配音）虽然看上去娇小可爱，却意外的擅长料理家事，每一天都为了哥哥的生活忙东忙西。 青岛萌香（三森铃子 配音）一直以来都希望能够成为一名歌手，但真正走上这条道路后她才发现，前往充满了曲折和困难。虽然表面上非常的好胜要强，但萌香实际上却有着非常温柔的一面。和这三个可爱的女孩子一起，夏天开始了。
「神健」是个在路边修车勉强维生的修理工，然而大部分都被认为是个路边的骗子。有一天，神健遇到了花钱不眨眼的「杰伊克」，为了可以保住这个「贵客」，神健在修车时动了个手脚，只为了让杰伊克的车几天后自己故障，然后再次找自己修车。原以为自己抓到了一只肥羊，然而知道杰伊克与危险的事件有关联后，一心只想摆脱杰伊克的神健却越是挣扎越是无法摆脱⋯
