ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
ときは戦国時代(せんごくじだい)。 先祖(せんぞ)だいだい、ヒラ忍者(にんじゃ)の家に生まれた 乱太郎(らんたろう)は、一流(いちりゅう)の忍者になってほしいという 両親(りょうしん)のきたいをむねに、 忍術学園(にんじゅつがくえん)に入学(にゅうがく)。 そこには堺(さかい)の豪商(ごうしょう)のむすこ・しんべヱや、 いくさで親(おや)をなくしながらもたくましく生きるきり丸がいた。 忍術学園のせいとは忍者のたまご、『忍たま』とよばれる。 忍術学園には、ナゾの天才(てんさい)忍者だった 学園長(がくえんちょう)をはじめ、 ユニークな先生(せんせい)や上級生(じょうきゅうせい)、 ちょっと手ごわい「くの一教室(きょうしつ)」の女の子たちや 忍犬(にんけん)ヘムヘムなどがいて、とってもにぎやか！
「我还是第一次看到，有人能将浮游魔法使得如此收放自如。」「这一点也不难，只是大家都没尝试过罢了。」拥有当代社会无法衡量的超规格魔法技术，却保持谦虚态度生活的青年‧亚连，在恩师的委托下，以家庭教师的身分前去指导『用不了魔法』的公爵千金‧蒂娜。面对这名已被无数人放弃的少女，不打算死心的亚连所传授的课程是──「就我个人认为，魔法并不是人类以操控魔力的方式施放，而是向精灵借用力量罢了。」亚连的魔法课程内容颠覆了常识。在谆谆善诱后，亚连解开了封印在蒂娜身上的谜团，而这也是向世界掀起革命的师徒传说开端！
