从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。 然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。
伴随着“空间震”这一前所未有的灾害，出现了一些称为“精灵”的神秘少女，对于拥有压倒性力量、被称为灾难的她们，数十年间，人类从未停止对抗她们的步伐。 人类通常采取的措施是用武力来歼灭她们，或者是—— “与其约会，使其娇羞”！ 让精灵娇羞，再通过“接吻”即可封印其力量，并转化为自己的力量。拥有这种能力的高中生五河士道，为了人类的和平，也为了拯救精灵们，从而展开了和她们之间的“约会”。士道平时要抑制曾将精灵们卷入斗争的强大灵力，有时为了保护她们也会使用这股力量，通过这样的方式，士道把夜刀神十香等精灵们一次次从危机中解救出来，人类和精灵之间的关系以及处理方法也在悄然改变…… 同时，也有一些组织使用与士道所在的”拉塔托斯克“不同的手段，与精灵们对峙。 短暂的平静即将被打破，士道等人的战争（约会）又要开始了——
在行星Zi上，一心希望成为象父亲那样成为优秀的zoids机师的少年邦，同欧卡诺伊多（Organoid）奇克和神秘少女菲妮一起踏上找寻zoids eve的旅途，并粉碎了帝国首相普罗因兹企图控制帝国，占领共和国的野心。
磁星骑士描述的是在人类居住的五行洲之外，还有一个精灵的世界叫恒磁星。恒磁星的长老发现邪恶的红骑士妄图破坏两个世界，于是向五行洲派出了磁星精灵远征队，寻找能够拯救两个世界的磁星骑士。没想到，被选中的磁星骑士居然是散漫的阿峰、活在因事故死去的哥哥阴影中的向东、缺少父母陪伴的富家千金雅玲和从小失去双亲、性格孤僻懦弱的茉莉。这四个普通学生最初缺乏使命感，但在与邪恶分子的斗争中，逐渐克服了各自的缺点，齐心协力获得了胜利，成为了真正的磁星骑士。
